تتمثل مهام الإدارة العامة للصحة العسكرية المنصوص عليها بالمقرّر عدد 1803 لسنة 2002 والمؤرخ في 25 سبتمبر 2002، في:
- الإسهام في المحافظة على الصحة الأساسية لأفراد القوات المسلحة وتوفير الإسناد الصحي لمستحقي العلاج من عسكريين ومدنيين في مجالات الطب الوقائي والتشخيص والعلاج والخدمات الاستشفائية والاختبارات الطبية.
- السهر على نشر التثقيف الصحي داخل الوسط العسكري.
- متابعة الوضع البيئي والعمل على حمايته داخل الوحدات العسكرية.
- الإشراف على الطب البيطري داخل المنشآت العسكرية.
- المتابعة الوبائية للأمراض داخل القوات المسلحة ودراسة البرامج الوقائية المتعلقة بها وإرساؤها ومتابعتها وذلك بالتكامل والتنسيق مع المصالح المختصة التابعة لوزارة الصحة العمومية.
- الإشراف على تحليل المواد الغذائية بالمخابر.
- اعتماد التدابير التنظيمية لتوفير الإسناد الصحي للوحدات التابعة للجيوش الثلاثة والإدارات والمصالح المشتركة، طبقا لخصوصياتها.
- إعداد مخططات التدخل الطبي خلال الكوارث والعمليات العسكرية وأخذ التدابير اللازمة لتطبيقها.
- تدريب الأفراد والوحدات الصحية الميدانية في مجال الإسناد الصحي للجيوش خلال الكوارث والعمليات العسكرية.
- إعداد البرامج المتعلقة باقتناء التجهيزات الطبية والمواد الصيدلانية وتوفير الإمدادات الصحية داخل القوات المسلحة والسهر على صيانة المعدات الطبية.
- التصرف في الأفراد التابعين للإدارة العامة للصحة العسكرية.
- السهر على تكوين الأفراد في الاختصاصات الطبية وشبه الطبية بما في ذلك برامج التكوين المستمر وتنظيم التظاهرات العلمية والمؤتمرات الطبية العسكرية.
- النهوض بالبحث العلمي داخل المؤسسات الصحية العسكرية والسهر على التكوين الجامعي.
- إعداد الميزانية وتنفيذها ومتابعة ميزانيات المؤسسات الصحية العسكرية.
- تطبيق النصوص القانونية المتعلقة بمنظومة العلاج.