تشتمل الإدارة العامة للصحة العسكرية على :
1- دائرة الشؤون الإدارية والمالية
2- دائرة التفقد الصحي والتقييم
3- إدارة العمل التقني والعلمي والتكوين، وتشتمل على دائرتين:
دائرة العمل التقني والعلمي، وتشتمل على ثلاث مصالح:
- مصلحة الصلوحية الطبية
- مصلحة الطب البيطري
- مصلحة البحث العلمي
دائرة التكوين، وتشتمل على مصلحتين:
- مصلحة تكوين الإطارات الطبية
- مصلحة تكوين الإطارات شبه الطبية والإدارية والتقنية
4- إدارة الإسناد الصحي والإمداد، وتشتمل على دائرتين:
دائرة الإسناد الصحي، وتشتمل على أربعة مصالح:
- مصلحة الإحصائيات والدراسات والتخطيط
- مصلحة الإسناد الصحي بالوحدات
- مصلحة الإشراف على المستشفيات والمراكز الصحية المختصة
- مصلحة الإسناد الصحي خلال العمليات العسكرية والكوارث
دائرة الإمداد الصحي، وتشمل على ثلاث مصالح:
- مصلحة الدراسات البيوطبية والصيانة
- مصلحة التصرف في التجهيزات الطبية
- مصلحة الإمدادات الصيدلانية
5- وفي انتظار مراجعة التنظيم الحالي لهذه الإدارة، وافق السيد وزير الدفاع الوطني على إضافة:
- مصلحة التعاون والعلاقات الدوليّة،
- مصلحة التصرّف في المعلومات الطبية
6- الهياكل الصحية: تخضع الهياكل الصحية التالية لإشراف الإدارة العامة للصحة العسكرية:
أ) المؤسسات الإستشفائية :
- المستشفى العسكري الأصلي للتعليم بتونس (إستشفائي جامعي)
- المستشفى العسكري بقابس (جهوي به قسمان إستشفائيان جامعييان)
- المستشفى العسكري ببنزرت (جهوي)
- مصالح طبية بالوحدات (62 مصلحة)
- 2 مستوصفات عسكرية
- 5 مصالح طبية بالمراكز الجهوية للتجنيد والتعبئة
- مصحّات عسكرية متعدّدة الاختصاصات بالجهات، انطلاقا من القيروان وتونس الكبرى (مفتاح سعد الله) و قفصة ومركزا عسكريا لطب الأسنان بمفتاح سعد الله
ب) المراكز الصحية المختصة:
- المركز العسكري لنقل الدم
- مركز الاختبارات الطبيّة للملاحة الجوية
- مركز طب الغوص
- المركز الخاص للإعفاء
- المركز العسكري للطب الرياضي
- الصيدلية المركزية العسكرية
- مخبر عسكري لتحليل المواد الغذائية
- مركز عسكري لحفظ الصحة و حماية المحيط
- مركزعسكري لطب الشغل و السلامة المهنية
- مركز عسكري للمساعدة الطبية الإستعجالية
7- مدارس الصحة العسكرية:
- مدرسة الصحة العسكرية
- المدرسة التطبيقية لمصالح الصحة للجيوش
