Les missions de la Direction générale de la santé militaire fixées conformément aux dispositions de la décision n° 1803 de l'année 2002, en date du 25 Septembre 2002 sont:
- Contribuer à la préservation de la santé de base aux membres des forces armées et fournir le soutien sanitaire aux ayant droit militaires et civils, dans les domaines de la médecine préventive, de diagnostic, de traitement, des services hospitaliers et des expertises médicales.
- Veiller à la diffusion de l'éducation pour la santé au milieu militaire.
- Suivi de la situation de l'environnement et assurer sa protection au sein des unités militaires.
- Superviser les activités de la médecine vétérinaire dans les unités militaires.
- Suivi épidémiologique des maladies au sein des forces armées et assurer la mise en place, la mise en œuvre et le suivi des programmes de prévention et ce en coordination et complémentarité avec les services spécialisés du ministère de la Santé publique.
- Superviser l’analyse des denrées alimentaires dans les laboratoires.
- Mise en place des mesures organisationnelles pour assurer le soutien sanitaire aux unités des trois armées, aux directions et aux organes centraux, en fonction de leurs spécificités.
- Conception des plans d'intervention médicale en cas de catastrophes et des opérations militaires et prendre les mesures nécessaires à leurs applications.
- Former le personnel et les unités sanitaires dans le domaine du soutien sanitaire aux armées lors des catastrophes et des opérations militaires.
- Préparer les plans de l'acquisition des équipements médicaux et des produits pharmaceutiques et mise à la disposition de ravitaillement sanitaire au sein des unités militaires et veiller à la maintenance du matériel médical.
- Assurer la gestion des ressources humaines de la Direction générale de la santé militaire.
- Assurer la formation de base et continue du personnel dans les spécialités médicales et paramédicales et organiser des manifestations scientifiques et des congrès médicaux militaires.
- Promouvoir la recherche scientifique dans les établissements sanitaires militaires et le suivi de la formation universitaire.
- Préparer le budget veiller à son exécution ainsi que le suivi des budgets des établissements sanitaires militaires.
- Appliquer les textes de loi relatifs au système de soins.
